水泥搅拌桩处理深厚淤泥设计时应考虑未完成自重固结的素填土和欠固结淤泥的负摩阻力作用。以往对负摩阻力的认识不足，造成一些项目处理后沉降仍较大。在计算单桩承载力时，未完成自重固结的素填土和欠固结淤泥层应考虑其负摩阻力作用。且桩端宜进入相对硬层。
由于淤泥性质比较差，为了保证桩身的强度，水泥含量不宜太少，根据近些年室内立方体无侧限抗压强度试验和试桩检测结果，对于竖向承载的搅拌桩，水泥含量宜≥18%。沉降计算时，复合地基压缩模量若按照规范取值往往偏高，偏不安全，压缩模量应根据大量的检测资料分析统计确定。
桩顶上覆土厚度应满足形成土拱的条件，使上部填土和使用荷载大部分分配到桩体上，形成桩体受力大，桩间土受力小的受力状态，从而协调变形。当填土厚度不能满足时，应采用较硬的碎石垫层+土工格栅的措施调节受力状态。