首先来说倒置显微镜的照明。倒置显微镜的照明系统是较为特别的，它通常借助于照明架和照明器座来被固定在载物台上方，同时照明器座在照明架上的位置更随着所使用的聚光镜类型而有所不同。照明器座上一般都带有滤片槽，用于相差观察的相环槽以及一个光阑，而且它的上面更可以安装照明器，下面也可以安装长工作距离聚光镜。通常倒置显微镜所使用的照明器为6V/15W简式照明器和12V/50W灯室，后者更能产生更强的照明光。同时两种照明器都带有调中螺旋，可以轻松进行灯的调中。普通的倒置显微镜一般使用的一种透射光照明器，而较为高级的倒置显微镜更配备了落射光照明器。

一般将其照明器安装在镜台的后侧方，照明光线可通过物镜由下方落射到标本上，使用者更可借助标本的反射光来观察物体的表面结构及立体形状，所以可以说其更适于观察活体微生物及悬浮细胞，同样也适用于观察岩石、矿物、晶体标本及金属材料和部件的表面等。