一、疏水层析概述
疏水层析（HIC）亦称为疏水作用层析，是利用固定相载体上偶联的疏水性配基与流动相中的一些疏水分子发生可逆性结合而进行分离的层析技术。
从作用机制来看，它属于吸附层析。非极性化合物例如苯、环己烷在水中的溶解度非常小，与水混合时会形成互不相溶的两相，即非极性分子有离开水相进入非极性相的趋势，即所谓的疏水性(Hydrophobicity)。非极性溶质与水溶剂的相互作用则称为疏水效应(Hydrophobiceffect)。
疏水效应疏水作用(hydrophobicinteraction):非极性分子进入水中，有聚集在一起形成小疏水面积的趋势，保持这些非极性分子聚集在一起的作用则称为疏水作用。对于可溶蛋白，溶剂是水，疏水侧链因此被包埋在蛋白质内部。终的结构是适合周围溶液的热动力学折衷的结果。就球形蛋白质的结构而言，其分子中的疏水性残基数是从外向内逐步增加的。虽然疏水氨基酸大多被包埋在球形蛋白内部，有些则暴露在外，在蛋白质表面形成疏疏水和亲水部件表面的。疏水部分是深红色,浅红色的更少的疏水性。亲水部分显示在深蓝色的,更少的亲水部分是浅蓝色。水区域，这部分暴露在外疏水性基团称为疏水补丁。
二、疏水层析原理
高度规则的水壳层包围在配基和蛋白的疏水表面周围。疏水物质被迫融合以减少这种壳的总面积（熵大）。在纯水中，任何疏水效应都太弱而不能导致配基和蛋白之间或蛋白自身的相互作用。盐能够增强疏水作用。
亲水性强的蛋白质与疏水性固定相结合作用原理
①靠蛋白质表面的一些疏水补丁(hydrophobicpatch)；
②令蛋白质发生局部变性(可逆变性较理想)，暴露出掩藏于分子内的疏水性残基；
③高盐作用。疏水层析的特性所致，即在高盐浓度下，暴露于分子表面的疏水性残基才能与疏水性固定相作用。
一般在lmol／L(NH4)2SO4或2mol／LNaCl高浓度盐溶液中，亲水性较强的组分物质，会发生局部可逆性变性，并能被迫与疏水的固定相结合在一起。然后通过降低流动相的离子强度，即可将结合于固定相的物质，按其结合能力大小，依次进行解吸附。
也就是：疏水作用弱(即亲水性强)的物质，用高浓度盐溶液洗脱时，会先被洗下来。当盐溶液浓度降低时，疏水作用强的物质才会随后被洗下来。（相同盐浓度下，疏水作用弱的物质先被洗下来，疏水作用强的物质随后被洗下来）。
对于疏水性很强的物质，则需要在流动相添加适量有机溶剂降低极性才能达到解吸附的目的。
三、疏水层析介质
疏水层析介质由基质和配体(疏水性基团)两部分构成。基质主要有多糖类如琼脂糖、纤维素和人工合成聚合物类如聚苯乙烯、聚丙烯酸甲酯类。其中，琼脂糖类凝胶仍是应用广泛的疏水介质。HIC介质的疏水配基主要为烷基和芳香基，其烷基通常在C8以下，芳香基多为苯基。
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