我国的显微镜制造业已有近70年历史，据统计，国内显微镜的产量每年约15亿元，有一半用于出口，在世界显微镜的中低端市场，中国品牌占有了一席之地。显微镜行业对技术要求很高，核心是物镜的设计与加工，其中将倾注大量的心血和人力，这都是需要资历和技术人员的，所以国内的显微镜市场品牌划分相对来讲比较简单，出名的也就是那几家。
国内的显微镜品牌大多由光学仪器厂转化而来，因为早期的显微镜并不普及，多由进口而来，随着战争的爆发，钱临照、林友苞等人在云南建立一小型光学车间，由外厂负责加工金属部件，制成数百台包括有油浸物镜的高倍显微镜，分送后方教学、医学和工程建设单位使用，这是次批量生产显微镜。解放后，由于社会主义制度的优越性，国内纷纷建起了多个国营显微镜厂，这些工厂之间时常的进行技术交流，呈现了百花齐放的市场现象。当时比较出名的有上海光学厂、南京江南光学厂、重庆光学仪器厂、广州光学厂、桂林光学厂等。
改革开放后，由于显微镜行业自身的发展需求和外资引入等多方面原因，国内的显微镜行业出现了不少变化。
麦克奥迪（MOTIC）：90年代香港资本收购了原厦门光学仪器厂，投资建设，目前在国内建立了多个加工基地，在国外多个国家注册了商标，跻身成为五显微镜。当前MOTIC在数码显微镜及显微数码互动方面具有较强的实力，最近也推出了电动显微镜，因为体制及资金投入有保证，MOTIC在研发方面投入比国内其他厂家要大，金相显微镜，倒置显微镜等有些型号也都不错。另外其销售能力也是有目共睹，麦克奥迪可以说是国内的显微镜品牌。
永新光学：包括宁波永新与江南永新。永新光学也是香港投资的，90年代收购宁波光学厂成立了宁波永新，生产各类光学显微镜，出口也比较多。2000年后，永新光学又收购了国内的江南光电，更名江南永新，江南永新继承江南光电的班底，江南光电是具有六十多年历史显微镜生产制造经验的大型专业化显微镜及光电仪器制造商，80年代又先后给LEICA、NIKON等国外显微镜大厂代工物镜及低端的显微镜整机，在工艺及技术也积累了不少经验，其生产的生物显微镜、金相显微镜、偏光显微镜在国内比较，体视显微镜有些机型也不错。但整体给人印象还象以前的国营企业，研发投入也不大，有些在吃老本。
重庆光电：重庆光电是国内真正的老牌光学厂，成立于1958年，生产从生物、倒置、荧光、体视、金相等一系列显微镜，其中倒置生物显微镜，金相显微镜在国内都比较有实力。重光发展到今天，也还是体制等原因，进步比较慢，人员流失比较严重，感觉在走下坡路，只是瘦死的骆驼比马大，现在他们在国内很多地方还设立有分公司与办事处，直接销售。
江西凤凰光学：转制的老厂，光学加工也较强的实力。凤凰相机是国内的品牌，随着数码相机的发展，国内的相机行业几乎是全军覆没，凤凰光学差不多是硕果仅存的一两家，可惜当前数码单反开始流行，凤凰光学迟迟未见这方面的动作，疼失一个大好机会。凤凰显微镜在凤凰光学中应该只是一小部分，近年推出了几款生物显微镜，有一两个机型还有些亮点，其他整体质量一般。
桂林光学厂：现在更名桂林威达光学仪器有限公司，它们几乎专业生产体视显微镜，因此桂光的体视显微镜是国内，成像比较清晰，有些方面已经比较接近国外厂家的低端产品。近年来桂光推出了平行光路的体视显微镜，变焦比达1：9，同时同轴照明也有生产。
广州光学厂：改名为广州粤显光学仪器有限公司，是50年代重庆光学厂派人过来建立的，生产生物、体视、金相等系列显微镜，整体产品质量在国内中规中矩，不是特别好，但质量还比较稳定，相对于重光、江光上千人的大厂，广光比较小，才三四百人，所以负担比较少，加上改制比较早，今天还在良性发展，最近广光也不断推出无限远光学系统，偏光显微镜，金相明暗场显微镜，只是研发能力还比较弱，整体水平提升不大。目前它们的显微镜80%以上是出口，在国内做得不多，所以虽然是老厂，在国内度却不高。
北京泰克：泰克也是一家有一定生产实力的显微镜厂家，主要生产体视显微镜，产品以外销为主，国内也有一些销售网络。深圳迈特是原桂林光学的一部分人员与深圳的资本结合成立的，其生产的单筒体视显微镜等质量不错，在工业领域销售比较大。梧洲奥卡显微镜厂在体视显微镜方面也有一定的实力。重庆奥特是原重庆光学厂部分技术与销售人员外出成立的，建立了自己的销售渠道，产品基本与重光相差不大，不过近来他们也推出了几款自己设计的新型号显微镜。芜湖光学仪器厂在比较显微镜生产方面很有经验，在司法鉴定显微镜中占有一席之地。贵阳云天是60年代上海光学厂内迁建立的，在工具显微镜研发与生产方面出一指，不过由于地理位置、体制及市场的变化，已是今不如昔。
宁波及周边地区是目前中国显微镜生产最集中的地方，有十几家公司在生产各类显微镜，其中比较有名的除了宁波永新、宁波舜宇外，还有宁教，宇捷、盛恒等，由于大都是合资或民营企业，他们都很注重产品研发与创新，从外观设计到光学质量，都在不断提升，在08年深圳光博会上，宁波教学仪器厂展出的一款金相明暗场显微镜，成像质量明显比很多国内大厂都要高出。
最后再说说上海光学仪器厂，上光曾经是国内最的光学厂，上光的显微镜到现在还被很多人使用与记起，但自从90年代与LEICA合作后，上海光学是国内光学仪器厂跨掉的大厂。现在的上海LEICA发展得很不错，而上光的显微镜差不多是名存实亡，当前上海本地还有多家显微镜销售公司，其中有些与上光还有一定渊源，甚至声称是上光，但其销售的显微镜大多数都是外地显微镜贴牌的了。
由此可见，现今国内的显微镜市场也是今非昔比，当年风光的大厂们纷纷易主或合并，经过了2008年的经济危机，这样的趋势更是明显。市场对于显微镜的需求，的一块来自于教育行业，大多的显微镜在教育行业被用于科研，所以在质量的要求上更甚于技术，这些国内大厂显然经过变革风波后都有过硬的质量后台，而现今所要比拼的便是新技术和营销能力，而国营企业老一套的“固步自封”政策显然已经跟不上时代的进步了。