1、工作原理区分：水平超净台和垂直超净台的工作原理是相同的，所不同的只是外观形式；从字面意思来理解，水平超净台的风是水平的，平面的。而垂直超净台的风向是垂直层流，风是从上往下吹的。打个简单的比方，水平层流的超净台如同放在桌面的台扇，垂直层流的净化工作台如同吊在天花板上的吊扇。
2、洁净度区分：水平超净台和垂直超净台的效率是相同的，不存在洁净度的高低之差别。都是达到美联邦标准的209E百级净化。如果达不到百级净化的超净台那就是一个次品。
3、价格上来区分：从材料和做工的复杂程度来说，垂直超净工作台要复杂一些，要费料费工一些，价格略比水平的贵，但相关不大。
4、封闭性能区分：水平工作台是敞开式的，垂直超净工作台前面有升降玻璃挡板或有机玻璃档板，垂直超净台不用的时候可以将挡板放下封闭。
5、使用场所上区别：水平流目前主要是食品检验，花卉、树苗、食用菌接种组培；垂直层流应用于电子、化工、医院、医药行业。也是因为一些化工、制药企业的实验操作过程中会有一些有毒有害气体会影响人体健康，所以选择往下吹风的垂直层流而不是水一层流似乎更合适一些。
6、操作使用方法：
（1）使用前，先提前50分钟开机，然后开启紫外灯，进行杀菌。持续30分钟后，关掉紫外灯，然后启动风机。
（2）净化工作区内不能存放不必要的物品，以保证气流能够顺畅正常流动。
（3）工作台使用前，先用酒精浓度为75%的酒精溶液进行擦拭，进行消毒。
（4）工作结束后，要对工作台面进行清理，关闭风机和照明开关，使用清洁剂和消毒剂，对工作台进行清洁消毒。
7、注意事项：
（1）紫外灯关掉后，要打开风机，散尽臭氧后，才能进行实验，否则不能进行。
（2）动作幅度不能过大，也不能过于激烈，以免损伤工作台。
（3）净化工作台上不能堆放物品，进风口应保持畅通。
（4）带有灰尘的物品，不能进入净化区域内。
（5）使用酒精灯时，酒精灯中的酒精不能过满，不能超过酒精灯体积的三分之二，以防洒出发生危险，并要保证用火的安全性。
（6）物品要及时取走，实验室要保持清洁。
（7）如发现仪器有问题，应及时汇报，不能擅自进行处理。