肥料的施用主要包括氮、磷、钾复合肥、有机肥和微肥。鉴于这些肥料的应用，不同的土壤环境需要制定不同的施肥方案，这就要求农民放弃基于经验的传统施肥方式。采用的土壤测试配方技术，引进肥料有机质检测仪等土壤测试设备，开展土壤测试工作。
       科学研究表明，不同生育期有机蔬菜对土壤氮、磷、钾及微量元素的施用量不同。如果氮肥施用过少，可能会引起病虫害。如果施用过少，可能会导致土壤养分供应不足。因此，在有机蔬菜的整个生长周期中，检测土壤中的养分是非常必要的。目前，肥料有机质检测仪能够准确检测土壤中的氮、磷、钾、微量元素和pH值等指标，逐渐扩大了对农业残留物的检测范围。
       现阶段，越来越多的有机蔬菜生产基地开始引进肥料有机质检测仪，这不仅可以有效改变传统的农民凭借经验进行测土施肥的方式，避免因为施肥不均衡而导致的土壤污染问题，在加强农业生产中的各项工作的相互协作，同样具有重要的积极意义。
       长期耕作，对磷的需求量将大大增加，对氮的需求量将减少，此时，有必要增加磷钾肥的用量，控制氮肥的施用量。如果在瓜果结果后，需要再次施肥，以后每次都需要施肥。在生育期中后期应适当控制钾肥，以促进无性运动从叶到根的同化，从而形成肉质主根。过多的氮钾肥不足，会使地上生长，根际变小，产量下降。