滤色块是荧光显微镜的重要部位，其核心部件由激发光滤色片（first barrier filter）、发射光滤色片（second barrier filter）和半透半反滤色片(beam-splitting mirror)组成。

1．激发光滤色片及发射光滤色片：根据光源和荧光色素的特点，通常选用以下三类配套，提供一定波长范围的激发光，并使样品激发出的荧光透过，到达目镜成像。
紫外光激发：激发光滤色片可使紫外光透过，阻挡400nm以上的可见光通过。与之相应的发射光滤色片可允许蓝光通过，视野内的光呈蓝色，如应用于DAPI染色。
蓝光激发：激发光滤色片可使蓝光通过，阻挡其他波段的光。与之相应的发射光滤色片可允许绿光通过，如GFP 染色标记。
绿光激发：激发光滤色片使绿光通过，阻挡其他波段的光。与之相应的发射光滤色片通常可允许红光通过，如Rhodamine染色。

2．半透半反滤色片：它的作用是阻挡激发光通过，而将其反射；并透过相应波长范围的发射光。其型号与激发光滤色片和发射光滤色片相对应。
 
3. 光路：光线在荧光滤色块中的传播光路为：反射光滤光片只允许光源中特定波长的光线透过，这部分激发光到达半透半返滤色片时被反射后通过物镜照射到样品上，样品中的荧光基团被激发光激发，发射出长波长的荧光；发射光通过物镜，透过半透半反滤色片，到达发射光滤色片，此时又只有特定波长的光线透过，最后通过目镜被我们肉眼看到的就是样品中的荧光了。