按照门的分类，分支机构财务管理方式分为有财务收支并独立核算、有财务收支但非独立核算、无财务收支三类。独立核算是指分支机构设有独立的银行账户，单独设立账簿，可独立编制会计报表。非独立核算是指分支机构没有独立的银行账户，没有独立设账，财务收支均计入挂靠单位。有些分支机构在挂靠单位内部可以计算出收支余等，属于内部独立核算，只要没有独立的银行账户、没有独立设置账簿，仍属于非独立核算。虽然有独立银行账户，但没有独立设置账簿的，也属非独立核算。
（一）加强对独立核算的分支机构的管理
1.独立核算分支机构应加强财务管理，规范会计核算
独立核算分支机构应服从总会的管理，严格执行《民间非营利组织会计制度》和总会对分支机构资产财务管理的有关规定。
2.独立核算分支机构应办理税务登记，依法取得发票，依法纳税
独立核算分支机构应取得《组织机构代码证》，按照税收属地管理的原则，在当地税务机关办理税务登记，购领发票，并依法申报纳税。分支机构所在地与总会属同一税务所管辖的，分支机构也可不办理税务登记，由总会按月合并报表，汇总纳税。
3.独立核算分支机构银行账户应报财政监察专员办事处审批
按照《预算单位银行账户管理暂行办法》及其补充规定，社会团体及其分支机构开立银行账户，应报总会所在地财政监察专员办事处审批。
4.总会应对分支机构财务应实施统一管理
对尚未在当地办理税务登记的独立核算分支机构，总会应对其财务实施统一核算，将其作为总会的一个部门，逐项逐笔审核其财务收支并将其纳入总会账簿，统一申报纳税，统一对外提供报表。已经在当地办理了税务登记的独立核算分支机构应定期（按月、季、半年或年）向总会报送会计报表，总会至少应按年编制总会本部和所有分支机构合并的会计报表。对分支机构资产财务管理中的问题，总会应加强指导、协调和监管。
5.总会应加强会费管理(会费使用规定专门制定)
总会应加强会费的领用、缴销登记管理，分支机构领用并开具会费取得的会费收入，可直接计入分支机构账簿也可计入总会账簿，但计入分支机构账簿的，总会必须定期合并报表。
6.总会对分支机构拨款的处理
总会对分支机构的拨款，如总会作为支出分支机构作为收入处理，分支机构应开具发票，依法纳税；如作为总会对分支机构的借款，双方可作为往来款挂账，但分支机构支出该笔款项的发票应直接交与总会报账。
（二）加强对非独立核算的分支机构的管理
1.非独立核算分支机构应逐步独立核算
非独立核算分支机构收支及资产，依法应属于总会不属于挂靠单位。非独立核算分支机构应逐步单独开立银行账户，实现独立核算。
2.非独立核算分支机构应编制会计报表
挂靠其他单位管理的非独立核算分支机构，不论挂靠单位执行何种会计制度，均应按照《民间非营利组织会计制度》规定的格式编制会计报表，但可以简化。
3.总会应合并非独立核算分支机构会计报表
总会应定期编制合并会计报表，合并范围除总会本部外，还应包括独立核算和非独立核算分支机构会计报表。
（三）加强对无财务收支的分支机构的管理
对暂时没有财务收支的分支机构，总会也应加强管理，防止资产流失和财务收支体外循环。
（四）对新设立的分支机构应首先明确财务管理关系
对今后新申请设立的分支机构，总会应首先明确其财务管理关系，将其纳入总会监管体系。
（五）坚决制止分支机构违规违纪问题
各单位要认真领会加强分支机构资产财务管理的重要性和紧迫性，总会资产财务部门要切实负起责任，坚决制止分支机构将收入计入私人公司等严重违规违纪问题；积极督促分支机构规范发票管理，尽快办理税务登记，补缴税款；对分支机构未执行《民间非营利组织会计制度》等管理不规范问题，要自2011 年起予以规范。

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