紫外线杀菌器的杀菌原理是利用紫外线光子的能量破环水体中各种病毒、细菌以及其它致病体的DNA结构。主要是使DNA中的各种结构键断裂或发生光化学聚合反应，例如使DNA中THYMINE二聚，从而使各种病毒、细菌以及其它致病体丧失复制繁殖能力，达到灭菌的效果。紫外线杀菌波段主要介于200～300nm之间，其中以253.7 nm波长的杀菌能力。当水或空气中的各种细菌病毒经过紫外线（253.7nm波长）照射区域时，紫外线穿透微生物的细胞膜和细胞核，破坏核酸（DNA或RNA）的分子键，使其失去复制能力或失去活性而死亡，从而在不使用任何化学药物的情况下杀灭水或空气中所有的细菌病毒。紫外线杀菌在泳池池水消毒中需要注意以下问题

1、紫外线杀菌灯连续点灯时的寿命约7000~8000小时，当时数累积到达时，这个杀菌灯的输出，因经时间劣化而降为初期的65~70%，为提高经济效率，维持良好的杀菌性必须定期汰换杀菌灯。

2、当游泳池的水质处于不平衡时会有结垢的产生，这种结垢是存在于石英套管上，会遮蔽部分照射面积影响效果，因此，须定期检视石英套管的表面，同样的，石英套管若有老化现象时也会影响紫外线的穿透。

3、当池水混浊时会阻碍紫外线的穿透，造成杀菌效果不彰，因此，在池水能见度不良或有呈色时须要加强其他药剂的补充。