微齿眼子菜多年生沉水草本，无根茎。茎细长，直径0.5-1毫米，具分枝，近基部常匍匐，于节处生出多数纤长的须根，节间长2-10厘米。叶条形，无柄，长2-6厘米，宽2-4毫米，先端钝圆，基部与托叶贴生成短的叶鞘，叶缘具微细的疏锯齿；叶脉3-7条，平行，顶端连接，中脉显著，侧脉较细弱，次级脉不明显；叶鞘长0.3-0.6厘米，抱茎，顶端具一长3-5毫米的膜质小舌片。穗状花序顶生，具花2-3轮；花序梗通常不膨大，与茎近等粗，长1-4厘米；花小，被片4，淡绿色，雌蕊4枚，于4枚，离生。果实倒卵形，长约4毫米，顶端具长约0.5毫米的喙，背部3脊，中脊狭翅状，侧脊稍钝。花果期6-9月。